El 5 de abril es el último día en el que el Museo recibe público. Después de esa fecha, se iniciarán las obras de conservación del edificio, hasta finales de diciembre de este 2026.
La exhibición permanente del MHNC comprende diferentes espacios y temas:
Sala "Los Naturalistas" introduce al visitante en la historia del Museo y en la descripción de Chile por naturalistas y antropólogos.
Sala "Nuestro Pasado Remoto" detalla los aspectos claves de la formación Quiriquina con fósiles de 65 millones de años.
Los ecosistemas regionales y las especies endémicas están representados en las vitrinas laterales "El Borde Costero", "El río Bío-Bío" y "El Bosque"; en el mismo salón se integra la historia de los pueblos originarios del centro sur de Chile y de los distintos complejos arqueológicos, a través las vitrinas verticales del "El Eje Cultural".
Una sala especial describe cronológicamente la historia social y geológica de "El Carbón".
Posteriormente, la vitrina "La Región Actual" permite admirar fotografías aéreas de nuestra región continental e insular. Cierra la exposición la unidad didáctica "Mesón del Científico", instancia que constituye una nueva apuesta museográfica y educativa, pensada especialmente para que los niños interactúen y aprendan con los elementos disponibles en el mesón.